Adresses et liens sur le Web pour les étudiants

Biochimie générale
Images 3-D (protéines, etc)
Biochimie médicale
Biologie cellulaire
Images et films
Biologie moléculaire
Décryptage du génome humain

Banques de séquences et outils de biologie moléculaire
Banques et ressources sur les plantes
Green Fluorescent Protein
Recherche de littérature scientifique,
Liens divers
Etudes de cas (U. Buffalo)

l'Université de Neuchâtel
la Faculté des Sciences
de la Biologie
du Laboratoire de Biologie moléculaire et cellulaire (LBMC)
portail de cours Claroline

Chimie analytique (Prof. Ward, Institut de Chimie)

avec des définitions importantes, par ex. stoechiométrie, acides-bases, etc.

Biochimie (Prof. Neuhaus):

• Théorie d'enzymologie
• Modèles de fonctionnement de l'ATP synthase
• Résumés de chapitres

Eléments de base de chimie

Chimie organique (U Toulon) avec pages sur les glucides, lipides, acides aminés
The Biology Project , un cours de biologie online de l'Université d'Arizona, avec un chapitre de biochimie, y-compris des notions de base de chimie

Un tutorial sur le pH et les acides et basesSur Interactive biochemistry , testez votre compréhension du pH, pK, etc (Amino acid titration)

Enzymologie

Sur Interactive biochemistry , vous pouvez essayer différentes valeurs de K_M, V_max sur les graphes de Michaelis-Menten, Lineweaver-Burke et Hanes-Woolf, ainsi que l'effet de différents K_I et [I] d'inhibiteurs compétitifs et non-compétitifs

Cyberlipid Center avec pages sur les différents lipides naturels

Accès à quelques livres complets online, en particulier Biochemistry (Berg, Tymoczko et Stryer, 2002), The Cell (Cooper, Geoffrey, 2000), Molecular Biology of the Cell (Alberts et al., 2002), Molecular Cell Biology (Lodish et al., 1999)

Schéma de la glycolyse, cycle de Krebs (R.Huskey, Virginia

               Voies métaboliques:

The Main Metabolic Pathways on Internet
The Metabolic Pathways of Biochemistry
Roche Applied Science Biochemical Pathways Chart
KEGG Metabolic Pathways
Nomenclature des enzymes
BRENDA: The Comprehensive Enzyme Information System
Comité International de Nomenclature des Enzymes
Voies métaboliques en 3-D: la glycolyse , le cycle de Krebs, etc
La glycolyse avec toutes les molécules et enzymes en 3-D (Warren Design Vision)

Chaîne respiratoire

La chaîne respiratoire couple un transport d'électrons par des complexes membranaires au pompage de protons de la matrice vers l'espace intermembranaire des mitochondries. Quand ce gradient de protons est utilisé pour la synthèse d'ATP, on parle de phosphorylation oxidative

Le complexe I transfère un à un les 2 électrons du NADH au coenzyme Q et pompe en même temps des protons (4?). Le complexe III transfère les 2 électrons du coenzyme Q à 2 cytochromes c et pompe 4 protons. Le complexe IV (cytochrome oxidase) transfère les électrons de 4 cytochromes c à une molécule d'oxygène, produisant deux molécules d'eau et pompe un proton par cyt. c.
En tout, pour un NADH, 10 (?) protons sont pompés.
Le complexe II (succinate déshydrogénase du cycle de Krebs) transfère 2 électrons du succinate au coenzyme Q sans pomper de protons.

L'ATP synthase ou ATPase pompe à protons

C'est une turbine qui couple le passage des protons à travers la membrane à la rotation d'un élément mobile (rotor) par rapport au reste immobile (stator) de la protéine. Cette rotation permet la synthèse de 3 ATP par tour, en utilisant 10 (ou 12, 14?) protons par tour.

Animations de Thomas M. Terry, The University of Connecticut

Modèles de fonctionnement de l'ATP synthase
(Cours de biochimie de Neuchâtel)
"ATP Synthase: eine prächtige molekulare Maschine" (Osnabrück)
Animations d'une ATPase F1Fo pompe à sodium (ETHZ), d'une ATPase pompe à calcium (Toyoshima)

Animation expliquant la photosynthèse

Biochimie de tous les jours: 

La mayonnaise comme exemple pratique de biochimie m'a été inspirée par le livre d'Hervé This, "Les secrets de la casserolle").
Il organise un séminaire de gastronomie moléculaire à Paris. La "cuisine collective" publie aussi régulièrement ses articles.
Voir aussi sur le site de Pour la Science.
Gastronomie moléculaire à Neuchâtel

Protéines à voir (code pdb):
ConA(1scs), domaine Fab d'IGG (8fab), complexe anticorps antigène (lysozyme, 1fdl), superoxide dismutase (1abm), thiorédoxine (2trx), chitinase d'orge (1cns) et de hévéa (2hvm), bêta-glucanase (1ghs), centre réactionnel photosynthétique (1prc)

Didacticiels de Carnegie Mellon U: Molecular Models for Biochemistry par exemple sur la protéine G (structure secondaire, amphipathie, ponts H),
Sur Interactive biochemistry , vous trouverez plusieurs didacticiels sur des structures de protéines: Protéase d'HIV-1, P53 (un suppresseur de tumeurs), la Protéine Kinase C, une Cyclooxygénase, une Protéine G trimérique et le mode d'action de l' aspirine et d'autres anti-inflammatoires non-stéroïdiens (NSAIDs)

Propriétés et images des acides aminés et des macromolécules (IMB Jena) 
Cours de structures protéiques (Charles S. Gasser, UC Davis)
Didacticiel très simple sur les structures secondaires, avec exercices (Northeastern State U)
Didacticiel sur les structures secondaires (Arapaho, Northeaastern State University)
Introduction aux structures des protéines et Ras oncogene product (F. R. Gorga, Bridgewater MA, USA)

Mb oxy (1ltw), désoxy (1mbd), liée au CO (1mcy)
Hb humaine oxy (2dn1), désoxy (2dn2), liée au CO (2dn3),
Mb, Hb, (Wellesley), Hb(Amherst), Animation (molmovdb)
Site sur les maladies des globules rouges
Globin gene server (plus poussé)

Vous pouvez trouver pratiquement toutes les structures connues au site Molecules R US

Librairie de molécules en 3-D, Library of 3-D Molecular Structures
World Index of Molecular Visualization Resources
XdomView (A Graphical Tool for Protein Domain and Exon Position Visualization)

Prédictions de structures secondaires : BCM Search Launcher, ExPaSy Proteomics Tools
Salle de modélisation et d'imagerie (Jussieu)

Molecular Graphics Manifesto: Why and How to Integrate Molecular Graphics into Introductory Biochemistry
Programme de visualisation Rastop, adapté de Rasmol pour PC, avec une interface plus conviviale
Comment faire vos propres pages Web incorporant des modules Chime ou des kinemages (Duke NC, ou U Southern Mississippi)

AutoDock (automated docking of flexible ligands to macromolecules)

"
Protéines à la Une" (SwissProt)

Animations avec Protein explorer, Banque d'animations de protéines (molmovdb), animations d'aquaporines, Visual Molecular Dynamics

Des animations qui montrent la nature dynamique des protéines, par ex. HDL, le dépliement de la titine, l'interaction biotine-avidine, etc.

DSMM - Database of Simulated Molecular Motions
Informations hyperlinked over proteins (iHOP)

Actuel: La grippe humaine et la grippe aviaire

Qu'est-ce que la grippe
Protéines à la Une: grippe aviaire (juin 2004!)
Grippe aviaire: Office Vétérinaire Fédéral (OVF) et Office Fédéral de la Santé Publique (OFSP)
Site de l'OMS sur la grippe (influenza en anglais) et sur la grippe aviaire
Site français GROG sur la grippe aviaire

GS4104 (Tamiflu®): forme utilisable oralement de la substance active, GS4071
Zanamivir (Relenza®) utilisé par inhalation 
Inhibiteurs compétitifs (K_I < 1 nM) de la neuraminidase du virus de la grippe. Le virus a besoin de cette enzyme pour se détacher de la surface de la cellule qui l'a produit.

le charbon (anthrax)

Voir sur le site Protéines à la Une

la page sur la toxine de l'anthrax

MedicalWord Search
Hardin Meta Directory of Internet Health Sources
Medline Plus
Medical Matrix
CliniWeb International

la vache folle (BSE) 

L' ESB en Suisse
Le prion, une protéine qui donne le mauvais exemple ("")
Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE): site de l'Union Européenne
BSE: what's new ? Site du Ministère britanique de l'agriculture
Information de l'OMS (WHO) sur les Transmissible Spongiform Encephalopathies (TSE)

Cours du MIT (hypertextbook), chapitre sur la biologie cellulaire

Films montrant la formation de vésicule à manteau de clathrine 

Explications de méthodes d'amélioration d'images de microscopie

Bio-Clips

Molecular expressions (galerie photo de microscopie)

AfCS-Nature Signaling Gateway

Gerdes Group Heidelberg

Glossary of Biochemistry 
and Molecular Biology

Beginners Guide to Molecular Biology
Tutorials de Biologie Moléculaire (UCLA) sur transcription, traduction, épissage; séquençage et PCR; opéron lac et cycle de vie du phage l

Tutoriels de Kenyon College, créés par des étudiants, dont entre autres répresseur lac, protéine CAP (catabolite activator protein), polymérase, transposase, réplicase, recombinase

Effet de différent types de mutation sur l'hémoglobine (missense, non-sense, frameshift)

DNA Learning Center du Cold Spring Harbor Laboratory

Des exercices pour contrôler votre compréhension des concepts de biologie moléculaire

Alan Christensen's Courses on biotechnology and genetic engineering

Voir les cartes de voies de transmission de signaux
voir les modèles de protéine G trimérique et de protéine kinase C sur Interactive biochemistry ( choisir "Studying protein structures")

Numéro spécial de Nature et de Science
Exploring our Molecular selves , un site multimédia du NIH.
Galerie d'images sur le génome.

ENSEMBL, un site sur l'interprétation des séquences, cartes, etc.

Consortium des bibliothèques universitaires suisses
-->Bibliothèque virtuelle

Nature, Science,

High Wire Press: liste de journaux à accès libre (avec délai)

US National Library of Medicine NLM
ENTREZ PubMed
NCBI PubMed: liste de plus de 4500 journaux à accès online (pas forcement libre)
Science Direct , Scirus (sites de recherche de littérature et de pages web)
PubCrawler (service d'alerte de nouvelles publications dans Medline et GenBank)